目前，全球科研工作者都在为开发SARS-CoV-2疫苗而进行努力。虽然抗SARS-CoV-2抗体反应的研究越来越多，但我们对SARS-CoV-2特异性T细胞反应的了解才刚刚开始。因此，当务之急是深入了解其反应，从而协助疫苗设计并提供工具来评估疫苗诱导的T细胞反应。多项研究表明，与健康个体的T细胞相比，从COVID 19患者中分离出来的T细胞效应功能受损，抑制性受体表达水平更高，且这种现象随着病情加重而增加。Seminal及其同事首次证实了T细胞特异性识别SARS-CoV-2，他们的研究表明来自COVID-19患者的CD4和CD8 T细胞可以识别大量来自SARS-CoV-2的肽段库中的多肽，且得到了其他文献的支持。但是，目前尚不清楚是哪些确切的表位驱动了T细胞对SARS-CoV-2的反应。T细胞识别的确切病毒表位，以及T细胞识别的最具免疫原性的表位(即免疫优势表位)，这些表位的确定将有助于指导疫苗设计，并可成为开发监测SARS-CoV-2特异性T细胞反应的工具。

到目前为止，大部分的工作都集中在鉴定表位和T细胞的反应，特别是对刺突蛋白的反应，也包括SARS-CoV-2的核蛋白和膜蛋白，然而，作者决定将分析扩展到病毒的整个蛋白质组，SARS-CoV-2会引起CD8 T细胞反应，值得注意的是，大部分观察到的CD8 T细胞反应是针对ORF1ab多聚蛋白的，而ORF1ab对CD8 T细胞的有较高的特异性反应。

● 实验对象

为了研究SARS-CoV-2的哪些表位可以被CD8 T细胞识别，作者收集了22例住院患者的PBMC样本进行分析，其中包括10例重症患者，9例危重症，3例已痊愈的。为了在高特异性和高通量的情况下覆盖尽可能多的HLA等位基因，作者基于肽HLA (pHLA)多路结合荧光染料的技术，利用14种不同的荧光染料制作独特的双荧光编码，可以同时检测T细胞识别的75个表位。对患者的HLA- A和HLA-B基因位点进行分型，筛选出10种HLA等位基因，包括HLA-A*01:01、HLA- A*02:01、HLA- A*03:01、HLA- A*11:01和HLA- A*24:02，以及HLA-B*07:02、HLA-B*08:01、HLA-B* 15:01、HLA-B*18:01和HLA-B*51:01。

● 结果

实验结果表明：绝大多数确定的应答仅限于HLA-A*01:01等位基因(如下图)。此外，在5例HLA-A*01:01患者中，有3例患者发现了额外的应答，这些额外应答的强度比TTDPSFLGRY表位的应答至少低20倍。这一观察结果表明，在HLA-A*01:01阳性患者中，该表位很可能驱动CD8 T细胞对SARS- CoV-2的大部分应答，并且很可能是该亚组患者的免疫显性表位。

上图：所有检测到的SARS-CoV-2特异性CD8 T细胞反应的Heatmap。每一列代表一个病人，病人的颜色编码与疾病状态相对应。灰色条中的黑方块表示分析中包含的HLA等位基因。左侧列出了T细胞识别的SARS-CoV-2的表位，颜色编码显示了它们来自哪种病毒蛋白。每个彩色方块表示检测到的T细胞反应的大小。

上图：在COVID-143患者中检测到四种不同的SARS -CoV-2特异性CD8 T细胞反应的流式细胞仪图

此外，在所有5例HLA-A*01:01阳性患者中均检测到CD8 T细胞对ORF1ab表位TTDPSFLGRY的应答，这些应答的程度明显高于其他所有检测到的CD8 T细胞应答 (如下图)。

在COVID-19患者中鉴定的9个CD8 T细胞识别表位里，其中4个为SARS-CoV-2特有的表位，5个为SARS-CoV-2和SARS-CoV共有表位，还有1个之前已被证明具有免疫原性。值得注意的是，9个CD8 T细胞识别的表位中有4个来自OFR1ab，而CD8 T细胞识别抗原表位来自S蛋白也有3个。相比之下，核蛋白和膜蛋白各只有1个抗原表位。重要的是，CD8 T细胞对来自ORF1ab的表位的特异性应答明显高于CD8 T细胞对S、N和M蛋白的应答(如下图)。因为目前大多数候选疫苗都聚焦于S蛋白，可能会导致疫苗研究的局限性，而作者的实验结果为设计候选疫苗提供了更多的参考。

随后，作者发现CD8 T细胞识别的SARS-CoV-2表位不在SARS-CoV-2基因组的热点区域，从而表明，已鉴定的免疫原性表位被高度保存，使它们成为用于监测SARS-CoV-2特异性T细胞反应的有效工具。最后，作者评估了与T细胞激活和衰竭相关的4个抑制受体(NKG2A、PD1、TIM3和2B4)的表达水平，这些观察结果强调了分析COVID 19患者病毒特异性T细胞的重要性。

值得注意的是，相当一部分鉴定的CD8 T细胞反应是针对ORF1ab的，而且这些反应的规模非常大，与CD8 T细胞针对刺突、核和膜蛋白结合的反应相比，明显要高得多。这些结果显示ORF1ab表位具有高度的免疫原性。特别是来自ORF1ab的TTDPSFLGRY表位，它是SARS-CoV-2特有的，诱导了CD8 T细胞的深度反应。

英国ProImmune公司已合成新冠相关表位的MHC-I五聚体，特异性的刺激CD8 T细胞的激活与增殖，协助新冠疫苗的开发。

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